Gistologik preparat tayyorlash bir necha bosqichdan iborat: material olish, fiksatsiyalash, suvsizlantirish, quyma blok tayyorlash, preparat kesmalarini olish, bo‘yash va kesmalarni qoplag‘ich oynacha ostiga joylashtirish.

1. Kesib olish yoki biopsiya — materialni o‘tkir jarrohlik asbobi, skalpel yoki ustara (tig‘) yordamida olish jarayoni bo‘lib, bunda to‘qima namunasining fiksatsiyagacha qurib qolishi va avtolizga uchrashi, shuningdek, asboblar ta’sirida deformatsiyalanishining oldi olinishi lozim. Gistologik tahlil uchun to‘qima bo‘laklarining optimal o‘lchami tadqiqot vazifalariga qarab belgilanadi va odatda 1,0×1,0×0,5 sm dan oshmaydi. Namunaning bunday o‘lchami fiksatorning materialga tez va bir tekis singishini ta’minlaydi hamda bo‘lak ichki qismidagi to‘qimaning avtolizga uchrashiga yo‘l qo‘ymaydi. To‘qima va a’zolarda patologik o‘zgargan joylar mavjud bo‘lsa, bo‘laklar o‘zgargan va sog‘lom to‘qimalar chegarasidan kesib olinadi. Kovak a’zolardan bo‘laklar preparatda a’zo devorining barcha qatlamlari ko‘rinadigan qilib olinadi. To‘qima namunalari qulf bilan yopiladigan maxsus plastik gistologik yoki biopsiya kassetalariga joylashtiriladi.
2. Fiksatsiyalash (kelib chiqishi: lotincha fixatio — mustahkamlash) — kesib olingan to‘qima bo‘laklari pichoq tig‘idan bevosita fiksatorga tushiriladi. Fiksator sifatida ko‘pincha formalin, kamroq hollarda esa spirtlar, pikrin kislota va boshqa moddalar ishlatiladi. Bunday ishlov berish hujayralarning o‘z fermentlari va chirish jarayonlari ta’sirida hujayralar parchalanishi hamda to‘qima tuzilishining buzilishiga yo‘l qo‘ymaydi. Natijada to‘qimaning tiriklik davridagi tuzilishi saqlanadi va uni o‘rganish mumkin bo‘ladi. Fiksatsiyalovchi suyuqliklarning ta’sir qilish tamoyili hujayralarning tez nobud bo‘lishi va oqsillarning koagulyatsiyasiga asoslanadi. Fiksatsiyaning eng keng tarqalgan turi — immersion fiksatsiya (kelib chiqishi: lotincha immersio — botirish) bo‘lib, unda to‘qima bo‘lagi eritmaga to‘liq botiriladi. Tajriba sharoitida perfuzion fiksatsiya ham qo‘llaniladi (kelib chiqishi: lotincha perfusio — quyish); bunda fiksator qon tomir tizimi orqali yuboriladi. Buning uchun ham texnik formalin (ФМ markasi, ГОСТ 1625-89), ham tayyorlangan («buferlangan») formalin ishlatiladi. Buferlangan formalin barqarorroq bo‘lib, unda texnik formalinda 40 °С dan past haroratda paydo bo‘ladigan oq cho‘kma hosil bo‘lmaydi. Bo‘laklar fiksator solingan idishga tushirilgach, shu idishga raqam (shifr, belgi) yozilgan yorliq ham solinadi.
3. To‘qimaga ishlov berish  — to‘qima bo‘lagini degidratatsiyalash (suvsizlantirish) va unga parafin shimdirish jarayoni. Bu bosqich to‘qimani zichlashtiradi, bu esa kesmalar olish uchun zarur (agar to‘qima haddan tashqari yumshoq bo‘lsa, mikrotomda kesish vaqtida u «g‘ijimlanadi», burmalar, yirtiqlar va uni o‘rganishga yaroqsiz qiladigan boshqa artefaktlar hosil bo‘ladi). An’anaviy usulda ishlov berish to‘qimani ketma-ket ksilol va etil spirti eritmalariga botirish orqali amalga oshirilgan. Ammo bu usulning bir qator jiddiy kamchiliklari bor: ko‘p mehnat talab qilishi, uzoq davom etishi (to‘rt sutkagacha), reagentlarning laboratoriya havosiga bug‘lanishi (bu laboratoriya xodimlari uchun xavfli, chunki ksilollar bug‘lari havo bilan portlash xavfi bo‘lgan aralashmalar hosil qiladi, qon hosil qiluvchi a’zolarda o‘tkir va surunkali shikastlanishlarga, teriga tekkanda esa dermatitlarga sabab bo‘ladi), shuningdek, olingan to‘qima sifatining beqarorligi. Sifat inson omiliga, ya’ni laborantning xatti-harakatlariga bog‘liq bo‘ladi. Bunday muammolarni hal qilish uchun laboratoriyalarda muqobil reagentlar, masalan, toksik bo‘lmagan izopropanol, shuningdek, yopiq konturli maxsus qurilmalar — gistoprotsessorlar qo‘llaniladi. Ular reagent bug‘larining laboratoriya havosiga chiqishiga yo‘l qo‘ymaydi. Gistoprotsessorlardan foydalanish vakuum-infiltratsiya va mikroto‘lqinli usullar hisobiga qo‘lda ishlov berishga nisbatan jarayon davomiyligini sezilarli kamaytiradi (Xpress 120 gistoprotsessorida bir soatgacha).
4. Quyma blok tayyorlash  — kesish (mikrotomda kesish) uchun yetarlicha qattiq blok hosil qilish jarayonidir. Buning uchun to‘qima bo‘lagiga suyuq parafin, tselloidin, plastmassa yoki quyish uchun mo‘ljallangan maxsus muhit quyiladi. Keyin to‘qima solingan massa sovitilib, blok qotiriladi. Hozirgi vaqtda tselloidin deyarli qo‘llanilmaydi. Sof parafinning ham tadqiqot uchun noqulay qiladigan qator kamchiliklari bor: qotganda unda kristallar paydo bo‘lib, hajmi 5—10 % ga kamayadi, bu esa to‘qimaning deformatsiyalanishiga olib keladi; bundan tashqari, kristall tuzilishi tufayli u kesilganda oson uvalanadi. Shu sababli bloklar tayyorlash uchun ko‘pincha parafinlarga guruch mumi, asalari mumi yoki polimerlar qo‘shimchalari qo‘shilgan maxsus quyish muhitlaridan foydalaniladi. Bu qo‘shimchalar parafinga elastiklik beradi va kesish vaqtida uning uvalanishiga yo‘l qo‘ymaydi. Bir jinsli quyish muhitini hosil qilish uchun mum va parafin eritiladi, sovitiladi va yaxshilab aralashtiriladi; bu jarayon 5—10 marta takrorlanadi. Bu ko‘p mehnat talab qiladigan jarayon bo‘lib, hosil bo‘lgan muhit sifati barqaror emas. Shuning uchun ayrim laboratoriyalar zavodda tayyorlangan, qo‘shimcha gomogenlashtirishni talab qilmaydigan quyish muhitlaridan foydalanadi.
5. Kesish yoki mikrotomda kesish — maxsus qurilma, ya’ni mikrotom yordamida yupqa kesmalar tayyorlash jarayonidir. Yorug‘lik mikroskopiyasi uchun mo‘ljallangan kesmalar qalinligi 4—5 mkm dan, elektron mikroskopiya uchun esa 50—60 nm dan oshmasligi kerak.
6. Kesmalarni bo‘yash turli to‘qima tarkibiy qismlarining gistologik bo‘yoqlarga kimyoviy moyilligi bir xil bo‘lmagani sababli to‘qima tuzilishini ko‘rsatib beradi. Masalan, gematoksilin va eozin bilan bo‘yash to‘qimaning kislotali tuzilmalarini, jumladan, DNK va RNK ni aniqlash imkonini beradi: ular ishqoriy xususiyatga ega gematoksilin bilan, hujayra sitoplazmasi esa eozin bilan bog‘lanadi (asosiy maqola — gematoksilin va eozin bilan bo‘yash). Bo‘yashdan oldin kesma buyum oynachasiga o‘rnatiladi. Burmalar hosil bo‘lmasligi uchun mikrotomda kesib olingan kesma avval isitilgan suv yuzasiga qo‘yilib, u yerda tekislanadi, shundan keyin oynachaga ko‘chiriladi. Gistologik preparat tayyorlashning boshqa barcha bosqichlari singari bo‘yash ham qo‘lda yoki avtomatik bajarilishi mumkin. Bo‘yashning ikki turi farqlanadi: an’anaviy va immunogistokimyoviy.
7. Kesmalarni qoplash — buyum oynachasiga o‘rnatilgan bo‘yalgan kesmani sindirish ko‘rsatkichi shishanikiga yaqin bo‘lgan maxsus qoplovchi muhitdan foydalanib, qoplag‘ich oynacha ostiga joylashtirish jarayonidir. Bunday muhitlarga Kanada balzami, polistirol va maxsus qoplovchi moddalar kiradi. Qoplangan preparat uzoq vaqt saqlanishi mumkin (istisno: polistirol ishlatilganda preparat asta-sekin shaffofligini yo‘qotadi, polistirolning o‘zi esa yoriladi. Polistirolga plastifikator, masalan, dibutilftalat qo‘shilsa, bu o‘zgarishlar sezilarli kamayadi. Bunday sharoitda gistologik preparatning saqlanish muddati qoplag‘ich oynachasiz ham 10 yilgacha uzayadi, 3 yil davomida esa deyarli hech qanday o‘zgarish kuzatilmaydi).

• Yorug‘lik mikroskopiyasi;
• Faza-kontrast mikroskopiya;
• Qorong‘i maydon mikroskopiyasi;
• Interferension mikroskopiya;
• Qutblanish mikroskopiyasi;
• Lyuminessent (fluoressent) mikroskopiya;
• Ultrabinafsha mikroskopiya;
• Elektron mikroskopiya;
• Sitospektrofotometriya;
• Radioavtografiya;
• Immunositokimyoviy usullar;
• Hujayra kulturasi usuli;
• Hujayraning mikroskopik jarrohligi.