Kodon — genetik kodning birligi; DNK yoki RNK tarkibidagi uch nukleotid qoldig‘idan iborat triplet bo‘lib, odatda bitta aminokislotaning kiritilishini kodlaydi. Gendagi kodonlar ketma-ketligi shu gen kodlaydigan oqsilning polipeptid zanjiridagi aminokislotalar tartibini belgilaydi.
Kodonlarning ketma-ketligi mRNK molekulasining bir qismida. Har bir kodon uchta nukleotiddan iborat bo‘lib, odatda bitta aminokislotaga mos keladi. Ushbu mRNK molekulasi ribosomaga berilgan genetik kodga muvofiq oqsil sintezlashni ko‘rsatadi.
Klassifikatsiya
Azotli asoslar to‘rtta: adenin (A), guanin (G), sitozin (C) va timin (T). Aminokislota esa uch nukleotiddan tuzilgan kodon bilan kodlanadi. Kombinatorika bo‘yicha jami kodonlar soni:
(43 = 64).
Shulardan 61 ta kodon aniq aminokislotalarni kodlaydi, qolgan 3 ta — UGA, UAG, UAA — translyatsiya to‘xtash signalini beradi va stop-kodonlar deyiladi.
Eukaryotlarda odatiy start-kodon — AUG (mRNKdagi), u metioninni kodlaydi va polipeptid zanjirining boshlanishini belgilaydi.
Ba’zi prokaryotlarda GUG, AUU, CUG, UUG ham start sifatida uchrashi mumkin.
Oqsil biosintezida polipeptid zanjiriga faqat 20 ta standart aminokislota qo‘shiladi. Shu sababli turli kodonlar bir xil aminokislotani kodlashi mumkin; bunday kodonlar izoakseptor kodonlar deb ataladi.
RNK kodonlari jadvali
| qutbsiz | qutbli | asosiy | kislota | (kodonni to'xtatuvchi) |
| 1-asos | 2-asos | 3-asos | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| U | C | A | G | ||||||
| U | UUU | (Phe/F) Fenilalanin | UCU | (Ser/S) Serin | UAU | (Tyr/Y) Tirozin | UGU | (Cys/C) Sistein | U |
| UUC | UCC | UAC | UGC | C | |||||
| UUA | (Leu/L) Leysin | UCA | UAA | Stop (ochra)[B] | UGA | Stop (opal)[B] | A | ||
| UUG[A] | UCG | UAG | Stop (yantar)[B] | UGG | (Trp/W) Triptofan | G | |||
| C | CUU | CCU | (Pro/P) Prolin | CAU | (His/H) Gistidin | CGU | (Arg/R) Arginin | U | |
| CUC | CCC | CAC | CGC | C | |||||
| CUA | CCA | CAA | (Gln/Q) Glutamin | CGA | A | ||||
| CUG[A] | CCG | CAG | CGG | G | |||||
| A | AUU | (Ile/I) Izoleytsin | ACU | (Thr/T) Treonin | AAU | (Asn/N) Asparagin | AGU | (Ser/S) Serin | U |
| AUC | ACC | AAC | AGC | C | |||||
| AUA | ACA | AAA | (Lys/K) Lizin | AGA | (Arg/R) Arginin | A | |||
| AUG[A] | (Met/M) Metionin | ACG | AAG | AGG | G | ||||
| G | GUU | (Val/V) Valin | GCU | (Ala/A) Alanin | GAU | (Asp/D) Aspartat | GGU | (Gly/G) Glitsin | U |
| GUC | GCC | GAC | GGC | C | |||||
| GUA | GCA | GAA | (Glu/E) Glutamat (glutamin kislotasi) | GGA | A | ||||
| GUG | GCG | GAG | GGG | G | |||||
A. AUG — metioninni kodlaydi va ko‘pincha translyatsiya initsiatsiyasi joyi: kodlovchi hududdagi birinchi AUG oqsil sintezining boshlanishiga xizmat qiladi. CUG, UUG va boshqalar eukaryot yadroviy genomlarida kam, ammo prokaryotlar, mitoxondriylar va plastidlarda ancha tez-tez uchraydi.
B. Uch turdagi stop-kodonlarning tarixiy nomlanishi: UAG — “yantar (amber)”, UAA — “ochra (ocher)”, UGA — “opal/umbra”.
Genetik kodni to‘liq “yechish” 1966 yilda yakunlangan.
Noan’anaviy (kanonik bo‘lmagan) kodon ma’nolari
Kamida 16 tur organizmda genetik kod kanonik standartdan farq qiladi. Masalan, ko‘plab yashil suvo‘tlar (Acetabularia turlari) standart stop-kodonlar UAG va UAA ni glitsin sifatida o‘qiydi; Candida zamburug‘ida CUG kodoni leyzin emas, serin sifatida talqin qilinadi. Non xamirturushining mitoxondriyasida (Saccharomyces cerevisiae) esa odatda leysinni bildiradigan oltidan to‘rtta kodon treoninni kodlaydi.
Bunday variatsiyalar genetik kodning evolyutsiyalanishi mumkinligini ko‘rsatadi.
Uch domenning vakillari (bakteriyalar, arxeyalar va eukaryotlar) ba’zan standart UGA stop-kodonini 21-aminokislota — selenosistein sifatida o‘qiydi. Selenosistein ribosomadagi tRNKdan ajralib ulgurmagan serinning kimyoviy modifikatsiyasi natijasida hosil bo‘ladi.
Xuddi shuningdek, ikki domen vakillarida (arxeyalar va bakteriyalar) UAG stop-kodoni 22-aminokislota — pirrolizin sifatida o‘qilishi mumkin.
Shuningdek, mitoxondrial DNKda ham universal koddan og‘ishlar mavjud.
