Patogen (yunoncha παθογένεια so‘zidan; πάθος — “azob, iztirob” + “keltirib chiqaruvchi, paydo qiluvchi”) — boshqa bir tirik mavjudotda patologik holat (kasallik)ni chaqira oladigan har qanday mikroorganizmdir (jumladan zamburug‘lar, viruslar, bakteriyalar va boshqalar), shuningdek alohida turdagi oqsil — prion (prion) ham patogen bo‘lishi mumkin. Kengroq ma’noda, patogen deganda organizmning ayrim tizimlariga zarar yetkazishi yoki qandaydir kasalliklar rivojlanishiga sabab bo‘la oladigan tashqi muhitning istalgan omili tushuniladi. Patogen mikroorganizmlar deb xo‘jayin (host)ga nisbatan parazitlik qiluvchi mikroorganizmlar (ayniqsa hayvonlarda bakteriyalar, o‘simliklarda zamburug‘lar) ataladi.
“Patogen” atamasi 1880-yillardan boshlab qo‘llanila boshlagan. Odatda bu atama virus, bakteriya, sodda (protozoa), prion, viroid yoki zamburug‘ kabi infeksion mikroorganizm yoki agentni tasvirlash uchun ishlatiladi. Qurtlarning ayrim turlari va hasharot lichinkalari kabi mayda hayvonlar ham kasallik chaqirishi mumkin. Biroq, odatda bunday hayvonlar patogenlar emas, parazitlar deb ataladi. Mikroskopik organizmlarni, jumladan mikroskopik patogenlarni ilmiy o‘rganish mikrobiologiya (microbiology) deb yuritiladi, patogenlar ham kirishi mumkin bo‘lgan kasalliklarni o‘rganish esa patologiya (pathology) deyiladi. Parazitologiya (parasitology) — parazitlar va ularni saqlovchi (xo‘jayin) organizmlarni ilmiy o‘rganish sohasi.
O‘RVI (o‘tkir respirator virusli infeksiya)ni keltirib chiqaruvchi patogenning elektron mikroskopda olingan tasviri.
Patogenlarning organizmga salbiy ta’siri turli mexanizmlar orqali yuz berishi mumkin: zaharlanish (intoksikatsiya), to‘qimalarning yemirilishi, boshqaruv/regulyator mexanizmlarning buzilishi va boshqa yo‘llar. Infeksion patogen mikroorganizmlarning salbiy ta’siri ko‘pincha ularning organizm ichida ko‘payishi hamda hayot faoliyati mahsulotlarining xo‘jayinga ta’siri bilan bog‘liq. Infeksion patogenlar, odatda, turli xo‘jayinlar o‘rtasida ko‘chib o‘tish (turli yuqish yo‘llari orqali tarqalish) qobiliyatiga ega bo‘lib, xo‘jayinlar populyatsiyasida infeksion kasallikni keltirib chiqaradi.
Ko‘pchilik infeksion kasalliklar uchun patogen — o‘ziga xos qo‘zg‘atuvchi (etiologik omil) hisoblanadi: ya’ni mazkur kasallikni faqat shu patogenning o‘zi keltirib chiqarishi mumkin; organizmda shu patogen mavjudligi aynan shu kasallik borligini anglatadi, patogen bo‘lmasa esa bu kasallik yuzaga kelmaydi.
Tarixiy “kontagiy” (lotincha contagium — “yuqum, zararlanish”) atamasi ham umumiy ma’noda kasallikning yuqumli “moddasi”ni bildirgan, biroq zamonaviy tibbiyotda endi deyarli qo‘llanilmaydi.
